Od účinnosti rejstříkového zákona je možné nechat zapsat vznik obchodní společnosti u notáře. Již tedy není nutno podávat návrh na zápis rejstříkovému soudu. Zápis do rejstříku notářem navíc přináší mnohé výhody.

Společnost s ručením omezeným se zakládá společenskou smlouvou anebo zakladatelskou listinou, v závislosti na počtu zakladatelů. Jelikož se jedná o kapitálovou obchodní společnost, je nutné, aby zakladatelské právní jednání mělo formu notářského zápisu. Uzavřením společenské smlouvy je společnost založena, vzniká ale teprve až zápisem do obchodního rejstříku.

Zápis do obchodního rejstříku provádí rejstříkový soud, jímž je krajský soud, v jehož obvodu bude mít založená společnost sídlo. Návrh na zápis je nutné podat na elektronickém formuláři, který je dostupný na portálu ministerstva spravedlnosti. Soud poté provede zápis ve lhůtě stanovené zákonem. Obecná lhůta činí pět pracovních dnů, nestanoví-li zvláštní zákon jinak.

V dnešní době je však možné nechat s. r. o. zapsat také napřímo notářem. Podmínkou je, aby zapisované skutečnosti měly podklad v notářském zápisu. S ohledem na to, že při založení s. r. o. je notářský zápis vyhotovován vždy, tato podmínka je splněna. Dále musí podkladový zápis obsahovat prohlášení notáře o tom, že obsah právního jednání je v souladu s právními předpisy a zakladatelským právním jednáním. K návrhu je nutno přiložit všechny listiny, které zákon pro zápis vyžaduje anebo je nutné založit je do sbírky listin. Zápis přitom může provést jedině ten notář, který sepsal podkladový notářský zápis. Je-li podkladových notářských zápisů více, musí být tímto notářem sepsány všechny.
Pokud jsou veškeré podmínky naplněny, notář provede zápis vzniku s. r. o. do obchodního rejstříku napřímo prostřednictvím dálkového přístupu. O tomto zápisu vydá ověřený výpis.

Kromě snížení administrativní náročnosti a rychlosti je další výhodou zápisu notářem skutečnost, že náklady jsou nižší než při zápisu rejstříkovým soudem. Zákon o soudních poplatcích stanoví soudní poplatek za zápis do rejstříku notářem ve výši 2 700 Kč. Existuje však možnost nechat si zapsat tzv. jednoduché s. r. o. neboli sepsat tzv. jednoduché zakladatelské právní jednání. Je to společenská smlouva nebo zakladatelská listina, která obsahuje pouze zákonem předepsané povinné náležitosti a vkladová povinnost je zde plněna výhradně v penězích. V takovém případě je zápis od soudního poplatku ve výši 2 700 Kč osvobozen. Náklady na zápis pak činí 1 000 Kč, což je dle notářského tarifu odměna za sepsání speciálního notářského zápisu navazujícího na založení s. r. o. (tzv. zápis o osvědčení pro zápis do veřejného rejstříku podle § 109 rejstříkového zákona) a odměna notáře za provedení zápisu dálkovým přístupem ve výši 300 Kč.

V případě, že by zápis do rejstříku prováděl rejstříkový soud, zakladatele by zápis vyšel na 6000 Kč. Tato částka se platí formou kolků.